Khi một loại virus lây nhiễm ma có tên là Fire-Starter bắt đầu lây lan qua hệ thống dẫn đến vụ ám sát Thủ tướng Nhật Bản, Thiếu tá Motoko Kusanagi và đội đặc nhiệm tinh nhuệ của cô được gọi đến để truy tìm nguồn gốc của nó.

Sengoku Basara The Last Party lấy bối cảnh dựa theo nguyên tác game Sengoku Basara Samurai Heroes trên hệ máy PS3 với cốt truyện chính xoay quanh cuộc giao tranh giành quyền thống nhất Nhật Bản giữa hai thế lực Miền Đông Nhật Bản (Đông Quân) và Miền Tây Nhật Bản (Tây Quân) tại Sekigahara (Quan Ngã Nguyên) vào năm 1600. Do anime có cốt truyện riêng khác hẳn với game nên sẽ có nhiều tình tiết bị thay đổi.

Rikka Isurugi đã dành cả đời để rèn luyện cách trở thành ninja với ông nội Hyoe trong khi nối gót cha cô, nhà nghiên cứu đáng kính Allen. Công việc của anh ấy đã đạt đến đỉnh cao trong một bộ máy bay không người lái tiên tiến được trang bị trí tuệ nhân tạo và khả năng kỹ thuật đáng kinh ngạc; mặc dù Allen có kế hoạch phát triển những máy bay không người lái này cho mục đích dân sự, nhưng vẫn có những người khác có ý tưởng độc ác hơn trong đầu.