Giết người trong tiềm thức lấy bối cảnh năm 2016, kể về một nhóm các nhà nghiên cứu. Các nhà nghiên cứu từ Phòng thí nghiệm pháp y số 9 của Viện Khoa học Cảnh sát Quốc gia đã sử dụng một máy đọc trí nhớ của một người đã chết trong hai năm. Cũng vì ký ức của con người bị biến đổi thành những hình ảnh như vậy nên các vấn đề pháp lý và đạo đức nảy sinh ngày càng nhiều.

Hàng loạt vụ giết người kỳ quái xảy ra vào những ngày mưa. Thám tử Sawamura Hisashi cố gắng truy bắt thủ phạm, cũng như các vụ án trước đó của anh ta, nhưng sau đó anh ta nhận ra mục tiêu tiếp theo của mình là vợ và con trai mình. Nghi phạm là một người đàn ông đeo mặt nạ ếch.

Câu chuyện xoay quanh cuộc sống hàng ngày của một kỳ thủ shogi (cờ vua Nhật Bản) 17 tuổi – Kiriyama Rei. Trên hành trình chạy trốn khỏi quá khứ, anh gặp lại ba chị em nhà Kawamoto là Akari (chị gái), Hina (chị hai), Momo (em út) và bắt đầu từ đây, cuộc sống của Rei dần thay đổi.

Trước khi là người bảo vệ, Kenshin là tay sát thủ đáng sợ mang tên Battosai. Nhưng sau khi gặp cô gái hiền lành Yukishiro Tomoe, câu chuyện của anh bắt đầu thay đổi.

Năm 1879, Kenshin và các đồng minh đối mặt với kẻ thù mạnh nhất từ trước đến nay: kẻ từng là em vợ anh, Enishi Yukishiro, và đám tay sai quyết trả thù của hắn.

Lúc Kenshin bắt đầu cuộc sống mới cùng Kaoru và bạn bè thì anh nhận được yêu cầu từ chính quyền Minh Trị. Makoto Shishio là một cựu sát thủ như Kenshin, bị phản bội và bị thiêu sống, nhưng hắn đã thoát chết và hiện đang ở Kyoto, cùng đồng bọn âm mưu lật đổ chính quyền. Trái với ý nguyện của Kaoru, Kenshin bất đắc dĩ nhận nhiệm vụ, đến Kyoto để ngăn cản cuộc nội chiến sắp xảy đến với đất nước của mình.

Cựu sát thủ huyền thoại Kenshin Himura (Takeru Sato) nay đã trở thành một samurai lang thang. Anh ta giúp đỡ và bảo vệ cho những người cần đến mình như một hành động chuộc lại những lỗi lầm trong quá khứ. Rồi anh gặp và cứu giúp Kaoru Kamiya (Emi Takei). Cha của Kaoru mở một ngôi trường dạy kendo tại Tokyo, Kamiya Kasshin. Kaoru mời Kenshin đến ở lại võ đường của mình. Tại đây, tình cảm của 2 người dần tiến triển, tuy nhiên Kenshin vẫn luôn bị ám ảnh bởi quá khứ của mình.

Cuộc chiến của hai kiếm khách huyền thoại Rurouni Kenshin và Shishio Makoto đã đến hồi căng thẳng. Shishio đưa chiến hạm của mình về hướng Tokyo, với mục đích lật đổ chính phủ Minh Trị, đưa Nhật Bản trở về thời biến lọan. Kenshin gặp muôn vàn khó khăn và suýt bỏ mạng khi chiến đấu với hỏa kiếm hủy diệt của Shishio cũng như các phong cách chiến đấu đa dạng của lũ tay sai dưới trướng hắn. Để ngăn cản Shishio, Himura Kenshin buộc phải tìm được đến sư phụ dạy kiếm thuật của mình để học tuyệt chiêu cuối cùng của phái Phi Thiên Ngự Kiếm…