Câu chuyện bắt đầu với việc Nobita và Shizuka ngồi trên ống cống cũ ở sân chơi thì Suneo đến và khoe con robot của mình. Nobita trở nên ghen tị và yêu cầu Doraemon chế tạo cho cậu một người máy khổng lồ. Thật trùng hợp, các bộ phận của robot bắt đầu từ trên trời rơi xuống. Sau đó Nobita và Doraemon bắt tay vào lắp ráp robot. Khi họ hoàn thành, Nobita, Doraemon và Shizuka nhận ra rằng robot Zanda Clause là một vũ khí chiến tranh sau khi cả ba vô tình phá huỷ một toà nhà ở thế giới trong gương. Sau đó Nobita gặp một cô gái tên Riruru, cô ấy nói với Nobita rằng người máy là của cô ấy. Nobita đưa cho cô con người máy và lối vào thế giới trong gương. Doraemon và Nobita đã đi theo Riruru và nhận ra cô là gián điệp của Metropolis và xây dựng căn cứ để đón quân đội đến xâm chiếm trái đất.

Một ngày nọ, Nobita tình cờ gặp một quả cầu gió giống như một sinh vật đến từ một vùng đất xa xôi, bị thổi bay vào khu vực lân cận của họ sau cơn bão gần đây đi qua khu vực này. Nobita đặt tên cho nó là Fuuko. Cuối cùng, cậu, Doraemon và những người bạn của họ đưa nó đến một vùng nông thôn rộng lớn qua Cánh cửa bất kỳ. Tại đó, họ tìm hiểu về Làng Gió và Bão, và danh tính thực của Fuuko. Chẳng bao lâu nữa, Nobita và những người bạn của cậu phải bảo vệ Fuuko khỏi Làng Bão và Nobuo giờ đã bị chiếm hữu, người đang bị điều khiển bởi linh hồn của thủ lĩnh cũ của Làng Bão.

Khi Nobita, Doraemon và nhóm bạn muốn bỏ trốn khỏi nhà vì nhiều lý do khác nhau, họ phải đối mặt với nhiệm vụ tìm một nơi nào đó để sống. Tuy nhiên, mỗi mảnh đất dường như đã đều đã có chủ nên việc xây cho mình một ngôi nhà dường như là điều không thể, cho đến khi Nobita có ý tưởng du hành ngược lại bảy mươi nghìn năm về quá khứ. Trong khi cả nhóm đang tự làm cho mình ở nhà ở một Nhật Bản không có người ở quá khứ, thì ở hiện tại, một trục trặc trong không-thời gian đã khiến một cậu bé người tiền sử lao vào giữa thành phố. Khi họ trở về hiện tại, Doraemon và những người bạn bắt gặp đứa trẻ – tên là Kukuru – và đưa cậu ta trở lại thiên đường thời tiền sử của họ. Cùng nhau, cả nhóm quyết định đưa cậu bé trở về đúng mốc thời gian của mình và giúp cậu giải thoát bộ tộc đang bị bắt của mình, ngay cả khi điều đó có nghĩa là phải đối mặt với sự nguy hiểm của kẻ thù của Kukuru: bộ tộc bóng tối.

Việc tìm kiếm tài liệu về biển để phục vụ cho công việc học tập sẽ khiến cánh cửa thần kỳ của Doraemon mở ra và đưa Nobita đến với Shizuka, Gian và Sueno dưới lòng đại dương sâu thẳm. Lần này những người bạn của chúng ta lên một con thuyền khổng lồ và độc đáo để tìm hiểu về những bí ẩn của biển và tìm kiếm kho báu. Điều mà không ai có thể tưởng tượng được là sự biến dạng của dòng không-thời gian sẽ dẫn họ đến thế kỷ XVII giữa một cơn bão lớn sẽ khiến họ bị đắm và nơi Doraemon đánh mất chiếc túi thần kỳ. Không còn thời gian để mất, những người bạn của chúng ta phải tìm ra một lối thoát. Liệu họ có thành công?