Hitomi, Rui và Ai là chị em siêu trộm mèo. Họ đánh cắp một bức tranh từ một bảo tàng vào khoảng thời gian Lupin đệ tam xuất hiện để tự mình đánh cắp một bức tranh khác. Cả hai bức tranh đều là một phần trong loạt tranh của Michael Heinz có tựa đề Cô gái và những đóa hoa. Với các cô gái, thì những bức tranh là manh mối về nơi ở của người cha mất tích của họ. Khi họ biết Lupin đang theo đuổi cùng một mục tiêu, một ngọn lửa khác đã bốc cháy bên trong họ.

Lupin III cạnh tranh với chị em nhà Kisugi để đánh cắp bộ ba bức tranh từng thuộc về cha của họ, đồng thời là chìa khóa của một bí ẩn chưa có lời giải từ lâu.

Bạn của Lupin, samurai Goemon Ishikawa, nhận công việc vệ sĩ cho một trùm yakuza. Nhưng một sát thủ tàn bạo đã giết chết yakuza và Goemon rất vinh dự được truy lùng hắn.

Nó là sự giao thoa giữa loạt phim Lupin III và Case Closed và diễn ra sau phần phim truyền hình đặc biệt Lupin the 3rd vs Thám tử lừng danh Conan, ngoài ra còn kết hợp nhiều yếu tố khác nhau từ phần tiền nhiệm trong cốt truyện của nó. Cốt truyện kể về Conan Edogawa, người bắt đầu truy bắt Arsene Lupin III, kẻ tình nghi đã đánh cắp viên ngọc có tên Cherry Sapphire.

Lupin III đi vào một cuộc phiêu lưu lớn liên quan đến di sản của ông nội, tên trộm bậc thầy Arsene Lupin.