Sau nhật thực toàn phần, một đoàn xiếc bóng tối xuất hiện, Mamoru mắc một chứng bệnh bí ẩn và những điều tồi tệ bắt đầu xảy ra khắp thành phố.

Bộ phim xoay quanh cuộc chiến chống lại sự xâm lược của sinh vật khổng lồ “Angel”. Chuyện bắt đầu vào năm 2015, khi thế giới đã bị phá hủy bởi một sinh vật gọi là Adam, lúc này Ikari Shinji đến một thành phố và đã gặp một Angel đang phá hủy nó. Shinji đã được một cô gái trong tổ chức đưa xuống nơi đang chế tạo một robot có tên “Eva” để chiến đấu chống lại Angel…

Khi mối đe dọa của Thiên thần leo thang, lực lượng phòng thủ của nhân loại bị đẩy đến giới hạn của nó, với NERV đi đầu trong cuộc đấu tranh. Shinji Ikari và cộng sự Rei Ayanami được hỗ trợ bởi hai phi công mới: Asuka Langley Shikinami bốc lửa và Mari Illustrious Makinami bí ẩn.

Sau nhật thực toàn phần, một đoàn xiếc bóng tối xuất hiện, Mamoru mắc một chứng bệnh bí ẩn và những điều tồi tệ bắt đầu xảy ra khắp thành phố.

Khi một sức mạnh đen tối bao trùm Trái Đất sau một lần nhật thực toàn phần, các Thủy thủ Vệ binh bị phân tán phải đoàn tụ để mang ánh sáng trở lại thế giới.