Khi phát minh mới nhất của Tiến sĩ Doofenshmirtz khiến các anh hùng Marvel mất đi sức mạnh của họ, họ hợp tác với Phineas và Ferb để cứu thế giới khỏi Doofenshmirtz và những kẻ ác của Marvel.

Phineas và Ferb bị mắc kẹt trong một chiều không gian khác, nơi Doofenshmirtz siêu xấu xa cai trị Vùng Ba Bang. Họ phải tìm đường trở về nhà với sự giúp đỡ của thú mỏ vịt tên là Perry, người mà họ phát hiện ra là một đặc vụ bí mật.