Nhà cung cấp chính của Crystal Dilithium Federation đang dần biến mất. Không gian và thời gian đã cô lập một số hành tinh tiếp xúc với bên ngoài. Sự cần thiết phải ngăn chặn điều này và các biện pháp quyết liệt là cần thiết một số biện pháp nằm ngoài thẩm quyền thông thường của Liên minh. Phi hành đoàn mới này có nhiệm vụ tìm ra nguyên nhân gây ra thời gian và không gian và ngăn chặn nó bằng mọi giá. Nhưng họ sẽ phải làm gì để ngăn chặn điều đó?

Trong thời gian tạm dừng, đặc vụ Neil Stryker bất ngờ nhận nhiệm vụ truy tìm Carl, nhà khoa học điên loạn đã trốn khỏi trại tị nạn. Kính thưa. Phát minh ra cỗ máy du hành thời gian, Carl đang ấp ủ một âm mưu thống trị thế giới. Trên đường truy tìm Carl, Neil không hề biết mình đã khiến con trai mình gặp nguy hiểm và chính anh cũng bị theo dõi.

Trong quá trình đàm phán hòa bình với người Klingon, thuyền trưởng Kirk và ngài Spock bị buộc tội giết người khi tàu của người Klingon bị tấn công.

Trong hành trình tìm kiếm Chúa đầy ám ảnh, một người Vulcan nổi loạn cướp tàu Enterprise rồi đưa thuyền trưởng Kirk cùng phi hành đoàn đến trung tâm của thiên hà.