Khi Pikachu được đưa đến Tree of Beginnings bởi Mew vui tươi, Ash Ketchum và bạn bè được Lucario, một Pokémon sống lệch thời gian hướng dẫn đến cái cây để tìm kiếm câu trả lời về sự phản bội của chủ nhân.

Một pháp sư cố gắng sử dụng sức mạnh của Millennium Comet để đánh thức Pokémon huyền thoại Groudon.

Các anh hùng của chúng ta phải bảo vệ Hoàng tử của Biển, Manaphy, khỏi tên cướp biển độc ác Phantom, và đưa Pokémon nhỏ tuổi trở lại Ngôi đền Biển với sự giúp đỡ của Người dân của Nước và Jackie the Pokémon Ranger.

Arceus, người sáng tạo ra thế giới, đến để đưa ra phán quyết cho nhân loại vì hành vi đánh cắp Viên ngọc sự sống, nhưng Ash Ketchum và bạn bè của anh ta đã được gửi trở lại thời gian để khám phá và có thể đảo ngược các sự kiện dẫn đến việc Arceus *bán thân*.

Một thị trấn bình dị bị ném vào hỗn loạn khi hai Pokémon mạnh mẽ, Dialga và Palkia, băng qua các con đường và chiến đấu, làm sai lệch chiều không gian và thời gian. Hy vọng duy nhất đến từ Darkrai, một Pokémon bóng tối bị người dân thị trấn xa lánh.

Tại thị trấn Greenfield, ước mơ và mong muốn của một cô gái trẻ, cô đơn đã được một nhóm Pokémon biến đổi thực tế biến thành hiện thực.